В настоящее время Ботанический сад МГУ состоит из двух территорий: это так называемая новая — рядом с биологическим факультетом на Воробьевых горах — площадью более 30 га и филиал на проспекте Мира площадью 6,64 га, объявленный памятником истории и культуры г. Москвы решением Исполкома Моссовета № 20/8 от 31 мая 1973 г.
В Саду работают 25 научных сотрудников, в том числе 3 профессора-доктора, 1 доктор наук и 20 кандидатов наук. Директором Сада с 1988 г. является В.С. Новиков, с конца 1967 г. работавший в Саду сначала ученым секретарем, а с 1971 г. — заместителем директора по научной работе.
В структуре Сада существует несколько секторов (до 1999 г. — отделов): тропических и субтропических растений (на базе оранжерей филиала Сада), систематики и географии растений, флоры и охраны генофонда, дендрарий, садовых растений (с группами, обслуживающими коллекции плодово-ягодных и декоративных растений, а также разрабатывающие проблему защиты растений от вредителей и болезней). Как видно из названия секторов Сада, в целом здесь сохраняются такие традиционные общие направления исследований, как интродукция растений, систематика, флористика, охрана генофонда, селекция растений.
Более 5 000 видов, разновидностей и форм растений, имеющихся в Саду, произрастают на основных коллекционных участках: в дендрарии (около 1 150 видов и форм древесных растений), в альпинарии (около 700 видов преимущественно травянистых растений), на участках систематики (около 500 видов), на участках полезных растений (около 400 видов), флоры Средней России (около 180 видов), декоративных растений (157 видов и 1 360 сортов и форм), в плодовом саду (более 400 сортов и культиваров), а также в оранжереях (более 1 000). Современные научные исследования и селекционная работа привели к созданию расширенных специализированных коллекций зонтичных растений, яблони (диких видов), облепихи, пионов, а также новых экспозиций — это коллекционный участок сирени и участок флоры Средней России.
Ботанический сад — учебная и научно-исследовательская база биологического факультета МГУ. Здесь ведут работы 10 ботанических и зоологических кафедр и лабораторий биологического факультета (высших растений, геоботаники, зоологии позвоночных, зоологии беспозвоночных, ихтиологии, энтомологии, генетики, вирусологии и др.). Будущее, несомненно, за развитием комплексных связей между Садом и факультетом (или факультетами!), организацией его работы по примеру Научного парка, успешно работающего под руководством ректора МГУ академика В.А. Садовничего. Отсутствие подобного биологического или комплексного медико-биологического научного парка, способного развивать новые идеи, в настоящее время сдерживает биологические изыскания на факультете. Сотрудниками Сада ежегодно публикуется более 30 научных статей в отечественных и зарубежных журналах (из отечественных — преимущественно в журналах РАН и в «Бюллетене МОИП»), а также 2–3 монографии и учебных пособия. За последние пять лет были изданы, в частности, следующие труды: «Список растений Ботанического сада Московского университета „Аптекарский огород”» (Григорьева Н.А. и др., 2001 г.), «Зонтичные Киргизии» (Пименов М.Г., Клюйков Е.В., 2002 г.), «Иллюстрированный определитель растений Средней России» в 3-х томах (Новиков В.С., Губанов И.А., Киселева К.В., Тихомиров В.Н., 2002–2004 гг.) и «Сорта яблони коллекции Ботанического сада МГУ (каталог)» (Гусева И.Н., Кочешкова Т.В., 2002 г.). Примером успешной совместной работы Сада с кафедрами биологического факультета МГУ и научными учреждениями РАН может служить подготовка к печати 10-го издания классического учебного пособия — «Флора средней полосы Европейской части России» П.Ф. Маевского (2006 г.), работа над Красной книгой Российской Федерации.
За время существования Ботанического сада в нем развивались научные школы по флористическому и морфолого-таксономическому изучению растений. В настоящее время подобными школами руководят доктора биологических наук профессора В.С. Новиков и М.Г. Пименов. Широкую известность получили флористические работы сотрудников Сада, выполненные совместно со специалистами кафедр высших растений и геоботаники — «Конспект флоры Рязанской Мещеры» (1975 г.), «Определитель сосудистых растений центра Европейской России (1995 г.), удостоенных соответственно второй (1977 г.) и первой (1995 г.) премий МОИП. Специалистами-систематиками, работающими в Ботаническом саду, описано более 100 новых для науки таксонов высших растений, а также ряд видов насекомых. Этапными работами в изучении зонтичных стала сводка «The genera of the Umbelliferae» (Пименов М.Г., Леонов М.В., 1993 г.), ситниковых флоры мира — «Flora of the World. Part 6–8. Juncaceae. 2002» (с участием от России В.С. Новикова). Высокую оценку отечественных и зарубежных специалистов также получили ведущиеся в Саду исследования по хромосомному анализу и таксономии насекомых-энтомофагов, получившие обобщение в сводке д. б. н. В.Е. Гохмана «Кариотипы паразитических перепончатокрылых (Hymenoptera)» (2005 г.).
Сотрудниками Ботанического сада выведены десятки новых сортов и форм декоративных и плодово-ягодных растений, получено более 30 патентов на изобретения.
Работавший в Ботаническом саду в 1952–1972 гг. профессор А.К. Скворцов получил в 1989 г. Государственную премию СССР как один из авторов 10-томной монографии «Арктическая флора СССР», а в 2003 г. — премию Российской академии наук им. В.Л. Комарова за цикл работ по систематике растений семейств ивовых и березовых.
В 1988 г. при поддержке ректора МГУ В.А. Садовничего вступил в строй новый оранжерейный комплекс на Воробьевых горах, а с конца 1995 г. начаты работы по созданию на базе филиала Ботанического сада современного садово-паркового центра с реконструкцией и расширением существующих оранжерей и инженерных сетей, по обустройству ограды и входа в Сад с проспекта Мира, начато строительство новых экспозиционных и производственных оранжерей и теплиц.
Ботанический сад совместно с другими научными учреждениями проводит экспедиции в различные регионы России (преимущественно в пределах Европейской России и Кавказа), а также в страны ближнего и дальнего зарубежья (Центральная и Восточная Азия, Южная Африка, другие регионы). С 1987 г. сотрудники Сада начали планомерное изучение флоры Соловецких островов. В 1996 г. здесь был организован филиал Беломорской биологической станции биологического факультета МГУ (руководитель Н.Н. Черенкова), где с 2004 г. стала проводиться полевая практика студентов кафедры высших растений. Сотрудники Сада организуют в год около 500 экскурсий для детей и взрослых. Ежегодно на обеих его территориях бывает до 120 тысяч посетителей. При Ботаническом саде существует «Школа юного эколога».
Сад совместно с кафедрой высших растений проводит общероссийские и международные конференции по флористическим исследованиям и охране природы. Сотрудники Ботсада МГУ являются членами различных научных ассоциаций, в том числе Русского ботанического и Русского энтомологического обществ, Московского общества испытателей природы, а сам Ботанический сад — членом Совета ботанических садов России, он возглавляет Совет ботанических садов центра Европейской России.
Оглядываясь на пройденный путь, анализируя деятельность университета, развития в нем ботаники и Ботанического сада МГУ, невольно приходишь к мысли, что судьба, порою жестоко испытывавшая Сад на прочность, в целом благоприятствовала ему. В статье «Юбилей ботанического образования в Московском университете» («Бюллетень МОИП», 2004 г.) Михаил Викторович Гусев, декан биологического факультета МГУ (с 1973 по 2005 гг.), много сделавший для успешной работы и развития Ботанического сада факультета, написал такие слова: «…Счастливы те люди, которые преподавали и преподают ботанику в Московском университете. Преподавание ботаники — это участие в великом диалоге между человеком и растениями, в великом диалоге между разумным существом и существами, которые, в отличие от человека, могут непосредственно общаться с Солнцем… Очень многое вытекает из этого, связанное с нашей Планетой в целом, нашим Домом. <…> Нельзя без растений, нельзя без ботаники, понимание необходимости этой связи — вот что несут ботанические кафедры биологического факультета людям, народу, обществу».
Празднование юбилея Ботанического сада МГУ включает в себя не только заседание Ученого совета биологического факультета, собрания и конференции, но и показ исторических материалов, современной печатной продукции Сада, фотографий сортов декоративных и плодово-ягодных культур в библиотеке биологического факультета. Торжественное заседание Ученого совета боилогического факультета состоится 29 мая 2006 года в 15.30 на биологическом факультете МГУ в ауд. М–1. 30 мая с 10.00 в конференц-зале Оранжерейного корпуса биологического факультета пройдет научная конференция «Фундаментальные и прикладные исследования в ботанических садах». А во второй половине дня для участников запланированы экскурсии по территории Ботанического сада на Воробьевых горах и посещение филиала «Аптекарьский огород» на проспекте Мира. Там с середины мая проходит традиционный экологический праздник школьников Москвы, посвященный 300-летию Ботанического сада. Со второй половины мая до середины июня здесь же пройдет фестиваль цветов. Приглашаем принять участие в этих праздничных мероприятиях всех сотрудников и студентов Московского университета!
Директор Ботанического сада профессор В.С. Новиков
В Саду работают 25 научных сотрудников, в том числе 3 профессора-доктора, 1 доктор наук и 20 кандидатов наук. Директором Сада с 1988 г. является В.С. Новиков, с конца 1967 г. работавший в Саду сначала ученым секретарем, а с 1971 г. — заместителем директора по научной работе. 
Ботанический сад — учебная и научно-исследовательская база биологического факультета МГУ. Здесь ведут работы 10 ботанических и зоологических кафедр и лабораторий биологического факультета (высших растений, геоботаники, зоологии позвоночных, зоологии беспозвоночных, ихтиологии, энтомологии, генетики, вирусологии и др.). Будущее, несомненно, за развитием комплексных связей между Садом и факультетом (или факультетами!), организацией его работы по примеру Научного парка, успешно работающего под руководством ректора МГУ академика В.А. Садовничего. Отсутствие подобного биологического или комплексного медико-биологического научного парка, способного развивать новые идеи, в настоящее время сдерживает биологические изыскания на факультете. Сотрудниками Сада ежегодно публикуется более 30 научных статей в отечественных и зарубежных журналах (из отечественных — преимущественно в журналах РАН и в «Бюллетене МОИП»), а также 2–3 монографии и учебных пособия. За последние пять лет были изданы, в частности, следующие труды: «Список растений Ботанического сада Московского университета „Аптекарский огород”» (Григорьева Н.А. и др., 2001 г.), «Зонтичные Киргизии» (Пименов М.Г., Клюйков Е.В., 2002 г.), «Иллюстрированный определитель растений Средней России» в 3-х томах (Новиков В.С., Губанов И.А., Киселева К.В., Тихомиров В.Н., 2002–2004 гг.) и «Сорта яблони коллекции Ботанического сада МГУ (каталог)» (Гусева И.Н., Кочешкова Т.В., 2002 г.). Примером успешной совместной работы Сада с кафедрами биологического факультета МГУ и научными учреждениями РАН может служить подготовка к печати 10-го издания классического учебного пособия — «Флора средней полосы Европейской части России» П.Ф. Маевского (2006 г.), работа над Красной книгой Российской Федерации. 
За время существования Ботанического сада в нем развивались научные школы по флористическому и морфолого-таксономическому изучению растений. В настоящее время подобными школами руководят доктора биологических наук профессора В.С. Новиков и М.Г. Пименов. Широкую известность получили флористические работы сотрудников Сада, выполненные совместно со специалистами кафедр высших растений и геоботаники — «Конспект флоры Рязанской Мещеры» (1975 г.), «Определитель сосудистых растений центра Европейской России (1995 г.), удостоенных соответственно второй (1977 г.) и первой (1995 г.) премий МОИП. Специалистами-систематиками, работающими в Ботаническом саду, описано более 100 новых для науки таксонов высших растений, а также ряд видов насекомых. Этапными работами в изучении зонтичных стала сводка «The genera of the Umbelliferae» (Пименов М.Г., Леонов М.В., 1993 г.), ситниковых флоры мира — «Flora of the World. Part 6–8. Juncaceae. 2002» (с участием от России В.С. Новикова). Высокую оценку отечественных и зарубежных специалистов также получили ведущиеся в Саду исследования по хромосомному анализу и таксономии насекомых-энтомофагов, получившие обобщение в сводке д. б. н. В.Е. Гохмана «Кариотипы паразитических перепончатокрылых (Hymenoptera)» (2005 г.). 
Сотрудниками Ботанического сада выведены десятки новых сортов и форм декоративных и плодово-ягодных растений, получено более 30 патентов на изобретения. 
Ботанический сад совместно с другими научными учреждениями проводит экспедиции в различные регионы России (преимущественно в пределах Европейской России и Кавказа), а также в страны ближнего и дальнего зарубежья (Центральная и Восточная Азия, Южная Африка, другие регионы). С 1987 г. сотрудники Сада начали планомерное изучение флоры Соловецких островов. В 1996 г. здесь был организован филиал Беломорской биологической станции биологического факультета МГУ (руководитель Н.Н. Черенкова), где с 2004 г. стала проводиться полевая практика студентов кафедры высших растений. Сотрудники Сада организуют в год около 500 экскурсий для детей и взрослых. Ежегодно на обеих его территориях бывает до 120 тысяч посетителей. При Ботаническом саде существует «Школа юного эколога». 
Оглядываясь на пройденный путь, анализируя деятельность университета, развития в нем ботаники и Ботанического сада МГУ, невольно приходишь к мысли, что судьба, порою жестоко испытывавшая Сад на прочность, в целом благоприятствовала ему. В статье «Юбилей ботанического образования в Московском университете» («Бюллетень МОИП», 2004 г.) Михаил Викторович Гусев, декан биологического факультета МГУ (с 1973 по 2005 гг.), много сделавший для успешной работы и развития Ботанического сада факультета, написал такие слова: «…Счастливы те люди, которые преподавали и преподают ботанику в Московском университете. Преподавание ботаники — это участие в великом диалоге между человеком и растениями, в великом диалоге между разумным существом и существами, которые, в отличие от человека, могут непосредственно общаться с Солнцем… Очень многое вытекает из этого, связанное с нашей Планетой в целом, нашим Домом. <…> Нельзя без растений, нельзя без ботаники, понимание необходимости этой связи — вот что несут ботанические кафедры биологического факультета людям, народу, обществу». 
Празднование юбилея Ботанического сада МГУ включает в себя не только заседание Ученого совета биологического факультета, собрания и конференции, но и показ исторических материалов, современной печатной продукции Сада, фотографий сортов декоративных и плодово-ягодных культур в библиотеке биологического факультета. Торжественное заседание Ученого совета боилогического факультета состоится 29 мая 2006 года в 15.30 на биологическом факультете МГУ в ауд. М–1. 30 мая с 10.00 в конференц-зале Оранжерейного корпуса биологического факультета пройдет научная конференция «Фундаментальные и прикладные исследования в ботанических садах». А во второй половине дня для участников запланированы экскурсии по территории Ботанического сада на Воробьевых горах и посещение филиала «Аптекарьский огород» на проспекте Мира. Там с середины мая проходит традиционный экологический праздник школьников Москвы, посвященный 300-летию Ботанического сада. Со второй половины мая до середины июня здесь же пройдет фестиваль цветов. Приглашаем принять участие в этих праздничных мероприятиях всех сотрудников и студентов Московского университета!